Thiên tai và thời tiết khắc nghiệt tác động đến hệ thống đường bộ không chỉ dưới dạng hư hỏng công trình, mà còn trực tiếp làm thay đổi trạng thái vận hành của mạng lưới giao thông. Mưa lớn, ngập, lũ quét, sạt lở, đá rơi, bão, gió mạnh, sương mù, cháy rừng, nước dâng và các hiện tượng tự nhiên bất lợi khác có thể làm suy giảm tầm nhìn, giảm khả năng bám đường, cản trở dòng xe, gây mất ổn định nền đường, mái dốc, cầu, hầm và hệ thống thoát nước, đồng thời tạo ra nguy cơ tai nạn thứ cấp với phạm vi và hậu quả khó dự báo. Trong những tình huống đó, hiệu quả quản lý không chỉ phụ thuộc vào chất lượng công trình, mà còn phụ thuộc quyết định vận hành có được đưa ra đúng thời điểm, đúng thẩm quyền và dựa trên thông tin đáng tin cậy hay không.
Nếu Tập I của bộ sách tập trung xác lập cơ sở pháp lý, khung quản lý rủi ro, hệ thống cảnh báo, ngưỡng vận hành và tiêu chí đóng, hạn chế hoặc mở lại đường, thì Tập II - Tổ chức ứng phó và vận hành giao thông đường bộ trong thiên tai chuyển trọng tâm sang tổ chức thực hiện. Nội dung của tập sách trả lời những câu hỏi có tính tác nghiệp trực tiếp: cảnh báo được chuyển hóa thành hành động như thế nào; quy trình vận hành cần thay đổi ra sao giữa các vùng, loại tuyến và loại công trình; dữ liệu từ hiện trường, ITS và trung tâm điều hành được sử dụng thế nào; cơ chế chỉ huy, phối hợp và quản lý sự cố giao thông được tổ chức ra sao; giao thông được duy trì, khôi phục và từng bước chuyển sang khôi phục kết cấu, tái thiết dài hạn như thế nào.

Tập II gồm các Chương 11-20, được tổ chức thành một chuỗi nội dung liên tục từ quy trình vận hành tiêu chuẩn, công nghệ và dữ liệu điều hành, phối hợp ứng phó khẩn cấp, đến phục hồi giao thông, khôi phục kết cấu hạ tầng và tái thiết nâng cao khả năng chống chịu. Cấu trúc này phản ánh đúng diễn biến của một sự kiện thiên tai trong thực tế: nguy cơ được nhận diện theo không gian; quy trình được lựa chọn theo loại tuyến và công trình; dữ liệu được thu thập, hợp nhất và chuyển thành cảnh báo; bộ máy chỉ huy và lực lượng hiện trường được kích hoạt; giao thông được kiểm soát; sau đó tuyến đường được phục hồi, công trình được khôi phục và những điểm yếu mang tính hệ thống được xem xét trong chương trình tái thiết dài hạn.
Các Chương 11 và 12 xây dựng hệ thống quy trình vận hành tiêu chuẩn -SOP theo hai lớp bổ trợ lẫn nhau. Lớp thứ nhất là SOP theo vùng vận hành, phản ánh sự khác biệt về khí hậu, địa hình, thủy văn, địa chất, mật độ giao thông và khả năng phân luồng giữa đồng bằng, miền núi, ven biển, cao nguyên, đô thị lớn và khu vực chịu ảnh hưởng của triều cường. Lớp thứ hai là SOP theo loại tuyến và loại công trình, gồm đường cao tốc, quốc lộ, tuyến đèo, đường miền núi, cầu lớn, hầm đường bộ, tuyến ven biển, khu vực ngập đô thị và các công trình khai thác đặc thù. Cách tổ chức này nhằm tránh hai khuynh hướng thường gặp: áp dụng cùng một quy trình cho mọi địa bàn hoặc xử lý từng sự cố bằng kinh nghiệm riêng lẻ, thiếu tính thống nhất.
Trong Tập II, SOP không được hiểu là thủ tục cứng nhắc. SOP là cấu trúc hành động chuẩn, xác định rõ điều kiện kích hoạt, nguồn dữ liệu, trình tự xử lý, lực lượng thực hiện, biện pháp tổ chức giao thông, yêu cầu báo cáo và điều kiện kết thúc. Một SOP có giá trị khi vừa đủ thống nhất để nhiều lực lượng có thể phối hợp, vừa đủ linh hoạt để hiệu chỉnh theo địa hình, loại công trình, trạng thái tuyến, lưu lượng, thành phần dòng xe và khả năng cứu hộ tại từng vị trí cụ thể.

Các Chương 13-16 tập trung vào lớp công nghệ, dữ liệu và điều hành. Hệ thống giao thông thông minh, camera, cảm biến, biển báo điện tử, trạm thông tin thời tiết đường bộ, thiết bị giám sát ngập, cảm biến mái dốc, bản sao số và trung tâm quản lý, điều hành giao thông được xem như các công cụ hỗ trợ nhận biết tình huống, cảnh báo, phân tích, điều phối và ghi nhận sự kiện. Tuy nhiên, tập sách nhất quán với nguyên tắc: công nghệ hỗ trợ quyết định nhưng không thay thế trách nhiệm của chủ thể có thẩm quyền; dữ liệu tự động phải được kiểm tra, đối chiếu và xác minh bằng thông tin hiện trường khi quyết định liên quan đến an toàn con người, đóng đường, mở đường hoặc huy động lực lượng.
Một nội dung quan trọng của Tập II là thiết lập mối quan hệ giữa ITS/TMC -mô hình chỉ huy sự cố - quản lý sự cố giao thông. Ba thành phần này có chức năng khác nhau nhưng phải vận hành như một hệ thống thống nhất: ITS/TMC thu thập, phân tích và truyền đạt dữ liệu; mô hình chỉ huy sự cố tổ chức điều phối,